HEBER-seq—開啟exRNA液體活檢新時代
項目簡介
HEBER-seq，開啟exRNA液體活檢新時代
近年，液體活檢在腫瘤早篩、腫瘤用藥、療效評估和複發監測方麵的取得了重要進展。在多種體液遊離的胞外RNA（extracellular RNA）作為一種新型液體活檢標誌物，大部分源自胞外囊泡EVs，包括miRNA、lncRNA、mRNA等RNA類型，這些分子有望用於腫瘤、心腦血管疾病、感染性疾病的早期診斷和用藥指導。
表觀生物自主研發針對exRNA的測序技術——HEBER-seq（High Efficiency Barcoded Extracellular RNA sequencing，基於標簽磁珠的exRNA測序），隻需低至200 μL血漿樣本，結合我司開發的深度學習算法構建診斷模型，可以深入挖掘測序所得的mRNA、longRNA中的的生物標誌物，開啟exRNA液體活檢新篇章，促進精準醫學發展。
技術優勢
1. 樣本要求量低，適用樣本類型豐富
2. 無需富集胞外囊泡，減少過程損失，靈敏度高
3. 去rRNA建庫，同時獲得mRNA和IncRNA數據
4. 自動化高通量建庫，縮短一半以上時間，快捷高效
5. 充分發揮深度學習算法的優勢，多靶點提高診斷性能
送樣要求
樣本類型
血漿，尿液 ，腦脊液等體液樣本
建議樣本量
30例 VS 30例
技術應用
應用與方案
基礎分析內容
1. 去接頭汙染，去低質量reads 和測序質量評估
2. 參考基因組比對
3. 全基因組reads 分布圖譜
4. mRNA表達差異分析
5. 差異基因KEGG、GO 分析
6. 差異lncRNA 分析
高級分析內容
1. 組織特異性分析
2. WGCNA分析/GSEA分析
3. 建立疾病診斷/預後評估模型
4. IPA通路分析
HEBER-seq與傳統EVs longRNA-seq技術流程對比
技術流程圖
圖1.不同樣本類型所測得的基因數量
分析內容示例 1
圖2.Coeff模型分析
分析內容示例 2
圖3.ROC分析training數據集
分析內容示例 3
圖4.疾病靶基因IPA分析
分析內容示例 4
參考文獻
[1] Ngo TTM, Moufarrej MN, Rasmussen MH, et al. Noninvasive blood tests for fetal development predict gestational age and preterm delivery. ：Science 2018 Jun 08;360(6393) .
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[3] Rasmussen M, Reddy M, Nolan R, et al. RNA profiles reveal signatures of future health and disease in pregnancy. Nature2022Jan;601(7893). （點擊閱讀文章解讀）
[4] Vorperian SK, Moufarrej MN; Tabula Sapiens Consortium, et al.Cell types of origin of the cell-free transcriptome.Nat Biotechnol. 2022 Jun;40(6):855-861.