cfChIP-seq:cfDNA/血漿遊離核小體ChIP-seq測序服務
cfChIP-seq
cfChIP-seq(cfDNA染色質免疫沉澱測序技術)是一種創新的液體活檢技術,通過分析血漿中 cfDNA dezudanbaixiushi,weijiexijibingxibaojiyintiaokongzhuangtaidakailequanxinchuangkou。zhexiangjishuliyongteyixingkangticongshaoliangxuejiangzhongbuhuoyoulihexiaoti,bingjiehegaotongliangcexu,shixiandui cfDNA 上多種組蛋白修飾的定量分析。cfChIP-seq 能夠直接反映疾病細胞的轉錄活性、細胞狀態和關鍵基因表達水平,補充了傳統 cfDNA 分析方法的不足。其高靈敏度和豐富的信息量,有望在tumor早期診斷、個體化治療和療效監測等方麵發揮重要作用,推動液體活檢技術在精準醫療領域的應用。
圖1. cfChIP-seq技術流程¹
技術原理
技術優勢
1.僅需 1 mL 血漿即可分析
2.同步獲得多層麵的信息
3.能夠對cfDNA上的組蛋白修飾進行精準定量
技術應用
1.分析血液樣本中遊離核小體的組蛋白修飾圖譜
2.通過分析組蛋白修飾模式,可精準識別不同tumor亞型
3.可靈敏地反映tumor細胞對治療的動態反應
4.研發新的液體活檢疾病標誌物
5.分析特定轉錄因子結合位點的組蛋白修飾水平,發現潛在的治療靶點
送樣要求
血漿 / 血清,1~4 mL/ 樣本
樣本類型
僅限人、大小鼠,其他物種需評估
樣本物種
分析內容
1、測序原始 reads 去接頭,質量控製
2、參考基因組比對
3、富集區域鑒定(PeakCalling)
4、Peak 注釋
5、Peak 相關基因 GO 分析
6、Peak 相關基因 KEGG 分析
7、富集區域 motif 分析
8、組間差異 Peak 相關基因篩選與 GO 功能聚類分析、KEGG 分析
實測數據
圖2. cfChIP-seq技術檢測血漿樣本中,不同cancer類型中診斷標誌物基因的啟動子活性
研究案例
Nat Med:基於液體活檢的血漿表觀基因組分析cancer亞型²
研究利用cfChIP-seq技術分析了來自433位晚期cancer患者的1268份血漿樣本,並通過檢測與啟動子和增強子活性相關的組蛋白修飾(H3K4me3和H3K27ac),成功識別了多種cancer類型。研究人員發現,血漿樣本中的組蛋白修飾模式與tumor組織的基因表達水平高度相關,可以準確反映tumor的表觀遺傳狀態。此外,他們還發現cfChIP-seq可ke以yi識shi別bie與yu治zhi療liao耐nai藥yao相xiang關guan的de表biao觀guan遺yi傳chuan變bian化hua,例li如ru前qian列lie腺xian癌ai中zhong雄xiong激ji素su受shou體ti增zeng強qiang子zi的de激ji活huo,為wei預yu測ce治zhi療liao反fan應ying和he開kai發fa新xin的de治zhi療liao策ce略lve提ti供gong了le寶bao貴gui的de線xian索suo。
圖3. DLL3基因啟動子的H3K4me3信號在不同cancer類型中的分布情況
圖4. 前列腺癌患者血漿樣本中H3K27ac信號在tumor特異性增強子區域的富集情況
圖5. 前列腺癌患者血漿樣本中,雄激素受體基因增強子的H3K27ac信號IGV峰圖
參考文獻
[1] Sadeh R, Sharkia I, Fialkoff G, et al. ChIP-seq of plasma cell-free nucleosomes identifies gene expression programs of the cells of origin. Nat Biotechnol. 2021;39(5):586-598. doi:10.1038/s41587-020-00775-6
[2] Baca SC, Seo JH, Davidsohn MP, et al. Liquid biopsy epigenomic profiling for cancer subtyping. Nat Med. 2023;29(11):2737-2741. doi:10.1038/s41591-023-02605-z