RNA甲基化修飾m6Am-Exo-seq測序技術服務
項目簡介
RNA甲基化修飾m6Am-Exo-seq
RNA上存在一百多種化學修飾，其中N6-甲基腺嘌呤（m6A）作為真核生物mRNA上含量最普遍的化學修飾，參與調控了很多重要的生物學過程。不同於m6A，m6Am主要位於真核生物mRNA 5'端帽子之後的第一個堿基。早在1975年，科學家就鑒定到了m6Am的存在。m6Am也是一個動態、可逆的修飾，但其修飾酶PCIF1近兩年才發現。m6Am修飾主要位於5’m7Gppp帽子後的第一個堿基，主要通過影響mRNA的蛋白翻譯效率發揮作用。
為推動表觀轉錄修飾m6Am的研究，表觀生物最新開發m6Am-Exo-seq測序技術，大幅降低樣本要求量，可以在全轉錄組範圍（mRNA及lincRNA）高效準確的鑒定m6Am的修飾位點及豐度變化。
項目流程
送樣要求
100 ug
總RNA
5x10⁷個
細胞數量
100 mg
組織
表觀生物實測數據
Peak在mRNA結構上的分布metageneplot圖
表觀生物實測數據
Peak在lincRNA結構上的分布metageneplot圖
motif分析結果（BCA特征，不同於m6A修飾的GRACH）
IGV特定基因峰圖
基本分析
1.測序原始reads去接頭，質量控製（QC）
2.參考基因組比對（Mapping）
3.富集區域鑒定（PeakCalling）
4.富集區域注釋（PeakAnno）
5.lncRNA修飾分析、mRNA修飾分析
6.富集區域metagene plot圖、pie plot圖、venny圖
7.Motif分析
8.Peak基因GO和KEGG分析
9.差異Peak分析（即差異RNA修飾mRNA、lncRNA）
10.差異Peak基因GO和KEGG分析
高級分析
1.單位點修飾預測分析（SingleSite）
2.差異RNA修飾熱圖（Heatmap）
3.累計分布曲線分析（Cumulative Distribution Fraction Analysis）
4.關聯分析（與RNA-seq 關聯分析或多組學關聯分析）
5.關聯分析四象限圖
6.關聯分析熱圖（Heatmap）
7.IGV峰圖（附5個基因）
參考文獻
1.Sendinc E, Valle-Garcia D, Dhall A, et al. PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression[J]. Molecular cell, 2019, 75(3): 620-630. e9.
2.Mauer J, Sindelar M, Despic V, et al. FTO controls reversible m 6 Am RNA methylation during snRNA biogenesis[J]. Nature chemical biology, 2019, 15(4): 340-347.
3.Akichika S, Hirano S, Shichino Y, et al. Cap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase II–associated methyltransferase[J]. Science, 2019, 363(6423): eaav0080.
4.Sun H, Zhang M, Li K, et al. Cap-specific, terminal N 6-methylation by a mammalian m 6 Am methyltransferase[J]. Cell research, 2019, 29(1): 80-82.
5.Li K, Cai J, Zhang M, et al. Landscape and regulation of m6A and m6Am methylome across human and mouse tissues[J]. Molecular cell, 2020, 77(2): 426-440. e6.