GlycoRNA-seq：糖基化RNA測序，挖掘多類型、特殊修飾非編碼小RNA
項目簡介
GlycoRNA（糖基化RNA）是2021年斯坦福大學Bertozzi和Flynn教授團隊發現的一種全新的RNA修飾形式。GlycoRNA主要存在細胞表麵，其包含多種非編碼小RNA（sncRNA），如YRNA、snRNA、sno RNA、小tRNA和小rRNA等小RNA，這些小RNA帶有N-glycans的複雜糖鏈修飾[1]。GlycoRNA已被證實參與免疫調控等重要生物學過程，如發現GlycoRNA可介導中性粒細胞的遷移，從而抵抗感染[2]。
表觀生物率先推出GlycoRNA-seq糖基化RNA修飾測序服務，為科研同仁提供前沿研究的解決方案。GlycoRNA-seq采用Ac4ManNAz標記和點擊化學法，或最新的rPAL法[3]，高效富集GlycoRNA，並結合專業的PANDORA-seq[4]，檢測到更多類型的、帶有特殊糖修飾的sncRNA，助力您深入探索GlycoRNA的奧秘，開拓RNA修飾研究的新領域！
圖1. 基於Ac4ManNAz方法的技術步驟[1,2] （注：依賴細胞的代謝活性，適合活細胞樣本，不適用組織樣本）
技術原理
客戶自行選擇使用Ac4ManNAz方法或rPAL方法
圖2. 基於rPAL方法的技術步驟[3] （注：樣本類型適用性更廣，捕獲效率更高）
技術優勢
1. 能檢測低豐度的GlycoRNA，提供全麵、更精細GlycoRNA圖譜
2. 同時獲取多類型的、帶有特殊糖修飾的sncRNA
3. 分析信息豐富，包括序列信息、各類sncRNA表達差異分析等。也可結合質譜分析，推測GlycoRNA上聚糖的類型和結構、不同樣本間聚糖組成的差異等
技術應用
1. 研究GlycoRNA在不同物種、組織和細胞中的表達譜和功能差異或修飾模式
2. 研究GlycoRNA的調控機製，探索其與其他分子的相互作用
3. 研究藥物對GlycoRNA表達和修飾的影響，開發基於GlycoRNA的新型藥物
4. 研究GlycoRNA的生物發生通路或者是糖基化RNA在細胞通訊和細胞間相互作用中發揮的作用
5. 研究與疾病相關的GlycoRNA生物標誌物，探索潛在靶點
6. 聯合應用質譜分析，檢測翻譯後修飾；鑒定聚糖類型、組分；糖RNA位點；蛋白質糖基化修飾等。全麵分析 GlycoRNA 的表達、修飾和功能
送樣要求
捕獲方法二選一（Ac4ManNAz或rPAL）
1. 細胞：
Ac4ManNAz方法：≥3×106個細胞
rPAL方法：≥2×106個細胞
2. 組織：
提供 RNA later 處理的組織，≥0.2 cm（僅適用rPAL法；25 mg 組織大約可以提取30 μg總RNA）
3. 全血：
建議≥5 mL，最少3 mL
4. RNA：
Ac4ManNAz方法：≥50 μg（已標記Ac4ManNAz）
rPAL方法：≥30 μg
5.實驗設計至少 2 vs 2，優先 3 vs 3 或更多 replicate
溫馨提示：預先配置含有終濃度100 μM Ac4ManNAz的培養基，參考文獻[1]或者詳詢技術支持。詳細送樣要求、所需樣本量及其預處理方案請詳詢。
分析內容
基本分析
1. 原始reads過濾，質量控製
2. 基因組比對
3. 非編碼RNA database比對（tRNA、rRNA等）
4. sncRNA長度及分類統計
5. 各類sncRNA定量分析
6. 各類sncRNA表達差異分析（tsRNA、rsRNA、piRNA等）
7. 差異表達sncRNA聚類分析（僅限生物學重複）
高級分析
1. 客戶自選不多於50個sncRNA進行分析
2. 靶基因預測
3. 靶基因GO分析
4. 靶基因KEGG分析
案例
Cell：中性粒細胞招募的關鍵介質“糖基化RNA”[2]
這篇文章探討了GlycoRNA在小鼠中調控中性粒細胞招募的功能。研究表明，GlycoRNA主要存在於中性粒細胞上，對其向炎症部位的遷移至關重要。中性粒細胞的GlycoRNA通過與內皮細胞上的P-selectin結合，促進了中性粒細胞的粘附和遷移。研究發現，Sidt基因家族對GlycoRNA的表達和功能至關重要，缺失這些基因會顯著降低中性粒細胞的招募能力。此外，還揭示了GlycoRNA的生物學重要性，強調了RNA介導的細胞功能的新維度。通過進一步實驗，證實了GlycoRNA在中性粒細胞與內皮細胞互作中的關鍵作用。
圖3. 不同細胞類型中GlycoRNA的種類
圖2. GlycoRNA isoform來源占比餅圖
參考文獻
[1] Flynn RA, Pedram K, Malaker SA, et al. Small RNAs are modified with N-glycans and displayed on the surface of living cells. Cell. 2021;184(12):3109-3124.e22.
[2] Zhang N, Tang W, Torres L, et al. Cell surface RNAs control neutrophil recruitment. Cell. 2024;187(4):846-860.e17.
[3] Xie Y, Chai P, Till NA, et al. The modified RNA base acp3U is an attachment site for N-glycans in glycoRNA. Cell. 2024;187(19):5228-5237.e12.
[4] Shi J, Zhang Y, Tan D, et al. PANDORA-seq expands the repertoire of regulatory small RNAs by overcoming RNA modifications . Nat Cell Biol. 2021;23(4):424-436.