Hub enhancer 疾病核心調控元件多組學研究方案
2025-07-10
01
｜HubRNA精準鎖定
RIC-seq（RNA 原位構象捕獲）聯合long RNA-seq，篩選空間互作樞紐RNA（HubRNA），鎖定關鍵調控靶點。
02
｜增強子-啟動子彙總全景解析
RIC-seq + H3K27ac CUT&Tag 聯合分析，揭示 uaRNA-eRNA動態互作網絡，繪製增強子調控圖譜。
03
｜腫瘤核心調控回路分析free
H3K27ac CUT&Tag 數據深度挖掘，解析CRC（核心調控回路），定位驅動腫瘤發生的關鍵轉錄因子。
04
｜跨癌種臨床關聯驗證
獨家亮點！將 uaRNA-eRNA 互作網絡與TCGA 數據庫18種常見癌症表達譜關聯，驗證調控通路的普適性與癌種特異性。
05
｜Hub-增強子驅動突變預測
RIC-seq 鑒定 Hub-enhancer 區域，結合遺傳變異數據（如 SNP），預測功能突變對空間互作的破壞機製。
06
｜HubRNA臨床表達譜全景展示
HubRNA 在 TCGA 18 種癌症中的表達趨勢可視化，為靶點轉化提供跨癌種證據支持。
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Cai Z, Cao C, Ji L, et al. RIC-seq for global in situ profiling of RNA-RNA spatial interactions. Nature. 2020;582(7812):432-437. doi:10.1038/s41586-020-2249-1 -
Cai Z, Zhao H, Xue Y. Protocol for profiling virus-to-host RNA-RNA interactions in infected cells by RIC-seq. STAR Protoc. 2024;5(3):103149. doi:10.1016/j.xpro.2024.103149 -
Ye R, Zhao H, Wang X, Xue Y. Technological advancements in deciphering RNA-RNA interactions. Mol Cell. 2024;84(19):3722-3736. doi:10.1016/j.molcel.2024.06.036 -
Cao C, Cai Z, Ye R, et al. Global in situ profiling of RNA-RNA spatial interactions with RIC-seq. Nat Protoc. 2021;16(6):2916-2946. doi:10.1038/s41596-021-00524-2 -
Ye R, Hu N, Cao C, et al. Capture RIC-seq reveals positional rules of PTBP1-associated RNA loops in splicing regulation. Mol Cell. 2023;83(8):1311-1327.e7. doi:10.1016/j.molcel.2023.03.001 -
Ye R, Hu N, Cao C, et al. Capture RIC-seq reveals positional rules of PTBP1-associated RNA loops in splicing regulation. Mol Cell. 2023;83(8):1311-1327.e7. doi:10.1016/j.molcel.2023.03.001 -
Liang L, Cao C, Ji L, et al. Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity. Nature. 2023;619(7971):868-875. doi:10.1038/s41586-023-06323-x
