10x Genomics 單細胞轉錄組測序
項目簡介
10x Genomics 單細胞轉錄組測序
普pu通tong的de轉zhuan錄lu組zu測ce序xu獲huo得de的de是shi細xi胞bao群qun整zheng體ti的de基ji因yin轉zhuan錄lu信xin息xi,得de到dao的de測ce序xu信xin號hao也ye是shi細xi胞bao群qun的de平ping均jun信xin號hao,這zhe無wu法fa獲huo得de不bu同tong細xi胞bao內nei不bu同tong表biao達da信xin息xi的de數shu據ju也ye無wu法fa解jie決jue腫zhong瘤liu內nei組zu織zhi異yi質zhi性xing問wen題ti。而er單dan細xi胞bao測ce序xu是shi將jiang細xi胞bao群qun或huo者zhe組zu織zhi塊kuai分fen離li成cheng單dan個ge細xi胞bao並bing分fen別bie進jin行xing標biao記ji,最zui終zhong獲huo得de每mei個ge細xi胞bao的de轉zhuan錄lu本ben信xin息xi。利li用yong單dan細xi胞bao測ce序xu研yan究jiu者zhe可ke以yi從cong單dan個ge細xi胞bao水shui平ping對dui疾ji病bing發fa展zhan中zhong免mian疫yi細xi胞bao分fen化hua、腫瘤異質性和組織發育等方麵進行深入探究。
表觀生物推出10x Genomics單細胞轉錄組測序服務,與BD Rhapsody平台的單細胞轉錄組測序互補,客戶可根據自身研究項目的研究目的選擇合適的平台解決方案。
技術原理
1. 每個Chromium 解決方案都從高度多樣化的凝膠珠(Gel Beads)開始,每個凝膠珠都帶有獨特的寡核苷酸條形碼序列,以及便於捕獲目標分子的功能化序列。
2. 在Chromium 係統內,將帶有條形碼的凝膠珠與細胞或細胞核、酶以及分液油混合,產生成千上萬個單細胞乳液微滴,這些微滴被稱為“GEM”(Gel Bead-inemulsion)。
3. 每個GEM 都作為單獨的反應囊泡,凝膠珠在其中溶解,捕獲每個細胞的目標分子,添加條形碼並擴增。
4. 擴增後,來自同一細胞的所有片段都共享一個10x 條形碼。將成千上萬個細胞的帶有條形碼的產物混合,進行下遊反應,從而產生與短讀長測序儀兼容的文庫。
5. 在測序後,全方位的生物信息學工具將利用可識別的條形碼序列將測序片段定位到原本的單細胞或細胞核。
送樣要求
樣本物種: 僅限人源樣本,其它樣本需要評估。
>5×10⁵
細胞數量
1000個/μL
細胞濃度
5μm - 40μm
細胞尺徑
>80%
細胞活性
技術應用與優勢
技術應用
1、構建大規模細胞圖譜;
2、鑒定和發現稀有細胞亞型;
3、可探究腫瘤的異質性、微環境、耐藥機製;
4、幹細胞發育及分化;
技術優勢
1、Chromium Controller 和Chromium Connect係統采用先進的微流體技術,可在幾分鍾內完成單細胞微滴生成和條形碼標記;
2、技術發展成熟,操作穩定性高;
3、能夠從多個角度捕獲細胞活性的分子快照,包括基因表達、細胞表麵蛋白、免疫克隆型、抗原特異性、染色質可接近性以及拷貝數變異,適用於多組學聯合研究。
分析流程
分析內容
1. 細胞數目鑒定
2. 基因組比對
3. counts計算
4. 雙細胞過濾
5. 低質量細胞過濾
6. 標準化
7. PCA主成分降維
8. TSNE或UMAP降維
9. 細胞cluster鑒定
10. 細胞marker分析
11. 細胞類型注釋
12. 細胞子群深入分析(需客戶指定感興趣的細胞類群,高級分析)
13. 組間細胞比例差異分析
14. 組間同類細胞差異基因分析
15. 組間同類細胞差異基因功能富集分析
16. 細胞分化軌跡分析(高級分析)
17. 細胞基因調控網絡狀態分析(高級分析)
18. 細胞特異轉錄因子鑒定(高級分析)
19. 細胞互作分析(高級分析)