Epi™ Gapmer ASO設計及合成服務
項目簡介
Epi™ Gapmer ASO是一類能高效抑製RNA分子功能的特殊修飾反義核酸，可用於各種RNA的功能分析，在體內和體外進行功能缺失性實驗。表觀生物提供Gapmer ASO設計及合成服務，通過創新的化學修飾技術與精準的序列設計，實現對目標RNA的高效、特異性降解，為您的功能缺失性研究提供體內外雙重解決方案，同時也是類器官功能研究的利器。
產品信息
Gapmer ASO基於鎖核酸（Locked nucleic acids，LNA）修飾的反義寡核苷酸（anti-sense oligo nucleotide，ASO）。ASO主要是通過堿基互補配對與靶標mRNA、ncRNA結合，導致RNase H剪切靶標mRNA、ncRNA，從而抑製基因表達；也有ASO通過抑製Ribosome翻譯蛋白、調節RNA剪接等機製發揮作用。而LNA修飾的ASO在與互補的RNA鏈雜交仍具有熱穩定性，具有完全修飾的磷酸硫酯骨架，確保了對酶解的高抗性能力，能夠催化RNase H依賴性的互補RNA靶標的降解，從而確定喪失的靶標功能。
技術優勢
1.高效降解目標RNA，特別是細胞核內的 eRNA 分子
2.鎖核酸修飾帶來高結合力，優異的沉默效能；體內實驗所需劑量低，作用時間長
3.無需轉染試劑，適用於難轉染的細胞、類器官
4.免費提供序列設計
應用場景
1.功能機製研究：各類RNA分子的分子功能驗證及作用網絡研究
2.疾病模型構建：腫瘤、神經疾病、代謝性疾病中非編碼RNA的致病機製探究
3.動物體內實驗：全身/局部給藥的基因沉默效果評估
4.類器官實驗：沉默靶基因，解析非編碼RNA對疾病的調控機製
圖1. Gapmer ASO在細胞係中的沉默效果（左為陰性對照，右為實驗組）
實測數據
圖2. Gapmer ASO在多種腫瘤類器官中的沉默效果
圖3. ASO在心髒類器官中實現強效基因擾動的完整驗證過程
應用案例
1.Nature：基於患者來源類器官的快速個性化ASO藥物篩選平台（DOI: 10.1038/s41586-024-08462-1）
這項研究建立了基於患者來源類器官的ASO藥物評估平台。研究團隊從患者血液快速生成iPSC並分化為心髒類器官，成功在類器官中驗證了ASO的治療效果。通過轉染ASO到DMD患者的心髒類器官中，ASO能夠有效調節RNA剪接、恢複肌營養不良蛋白表達，並改善類器官的收縮功能。該平台實現了從患者樣本到ASO效果評估的全流程自動化，為個性化ASO藥物開發提供了快速、可靠的體外評估模型。
圖4. 研究者使用ASO特異性靶向敲低皮膚成纖維細胞中的CENP-A，結果顯示CENP-A的敲低顯著增加了衰老標記物CDKN1A/p21的表達，同時導致lamin B-1的降解
2. Mol Cell：衰老過程中著絲粒失活及其在人類細胞中的挽救機製（DOI: 10.1016/j.molcel.2024.12.018）
文章中使用Gapmer ASO進行了CENP-A和CENP-B的敲低實驗，從而研究這些蛋白在衰老過程中的作用。
圖5. 兩種針對CATED不同區域設計的Gapmer ASO序列,中間的DNA序列用紅色標記；RT-qPCR和WB結果顯示ASO成功降低了CATED表達,同時降低了DHX36和RAP1A蛋白水平,抑製了MAPK-ERK通路激活
3. Adv Sci：長鏈非編碼RNA CATED促進高級別漿液性卵巢癌鉑類耐藥及其靶向治療策略（DOI: 10.1002/advs.202505963）
這項研究揭示了一種新型長鏈非編碼RNA CATED在高級別漿液性卵巢癌(HGSOC)鉑類耐藥中的關鍵作用。研究發現CATED可通過腫瘤來源的小細胞外囊泡(sEVs)傳遞,促進HGSOC細胞對順鉑的耐藥性。
機製上,CATED與RNA解旋酶DHX36結合,通過促進PIAS1介導的DHX36 SUMOylation修飾增強其穩定性,進而促進RAP1A的翻譯,最終激活MAPK信號通路,導致細胞增殖增加和凋亡抑製。研究者開發了針對CATED的ASO治療策略,成功逆轉了HGSOC的鉑類耐藥性。
圖6. ASO沉默HIF1A-As2顯著抑製多種NSCLC細胞係的生長和集落形成
4. Cell Death Differ：HIF1A-As2與MYC形成正反饋環促進KRAS驅動的非小細胞肺癌增殖和轉移（DOI: 10.1038/s41418-023-01160-x）
該研究發現長非編碼RNA HIF1A-As2在非小細胞肺癌(NSCLC)中高表達，並與KRAS信號通路密切相關。文章中gapmer ASO用於沉默HIF1A-As2。