RIP-seq
項目簡介
RIP（RNA Immunprecipitation）是研究細胞內 RNA 與蛋白結合情況的技術，適用於研究轉錄後調控網絡動態過程，能幫助我們發現特定蛋白質的目標 RNA 分子，包括 lncRNA、mRNA 或其他非編碼 RNA。RIP 實驗運用針對目標蛋白的抗體，沉澱相應的 RNA- 蛋白複合物，經過分離純化，後續可對結合在複合物上的 RNA 進行 qPCR（RIP-qPCR）、芯片分析（RIP-chip）或測序（RIP-seq）。RIP 可以看成是普遍使用的染色質免疫沉澱 ChIP 技術的類似應用，蛋白結合對象為 RNA。RIP-seq可在全轉錄組範圍內研究被特定蛋白特異結合的 RNA 區域或種類，且可比較多個樣品間差異。
技術原理
裂解細胞，運用針對目標蛋白的抗體，沉澱相應的RNA- 蛋白複合物，用 Protein A/G 磁珠和相應抗體進行免疫沉澱實驗，提取 RNA，反轉錄成 cDNA，雙末端加接頭，PCR，構建文庫，凝膠電泳後提純，進行高通量測序，後續進行生物信息學分析，實驗驗證。
應用與優勢
技術應用
在 全 轉 錄 組 水 平 尋 找 與 已 知 蛋 白 結 合 的 lncRNA/mRNA/circRNA，揭示 long RNA 作用機理。
技術優勢
表觀生物 RIP-seq 整體服務包括前期 RIP 實驗的操作，客戶隻需提供細胞樣本，由表觀生物進行專業的 RIP 實驗，可獲得全轉錄組範圍內研究被特定蛋白特異結合的 RNA 區域或種類以及多個樣品間的差異。
測序方案
測序平台：Illumina NovaSeq 6000
測序模式：PE 150
測序數據量：10G base
送樣要求
細胞，≥ 1×10⁷ 個細胞 / 樣本
樣本類型
分析內容
1. 測序原始 reads 去接頭，質量控製
2. 參考基因組比對（Mapping）
3. RIP-target 分析
4. RIP-target GO 分析
5. RIP-target KEGG 分析
客戶文章
1. Ma M, Duan Y, Peng C, et al. Mycobacterium tuberculosis inhibits METTL14-mediated m6A methylation of Nox2 mRNA and suppresses anti-TB immunity. Cell Discov. 2024;10(1):36. Published 2024 Mar 29. doi:10.1038/s41421-024-00653-4
2. Shao N, Xi L, Lv Y, et al. USP5 stabilizes YTHDF1 to control cancer immune surveillance through mTORC1-mediated phosphorylation. Nat Commun. 2025;16(1):1313. Published 2025 Feb 3. doi:10.1038/s41467-025-56564-9
3. Zhang H, Luo X, Yang W, et al. YTHDF2 upregulation and subcellular localization dictate CD8 T cell polyfunctionality in anti-tumor immunity. Nat Commun. 2024;15(1):9559. Published 2024 Nov 5. doi:10.1038/s41467-024-53997-6
4. Yuan J, Xie BM, Ji YM, et al. piR-26441 inhibits mitochondrial oxidative phosphorylation and tumorigenesis in ovarian cancer through m6A modification by interacting with YTHDC1. Cell Death Dis. 2025;16(1):25. Published 2025 Jan 18. doi:10.1038/s41419-025-07340-6
5. Yang Y, Jianxu Z, Hao L, et al. EF24 targets METTL3 to reprogram m6A methylation and induce ferroptosis: an epitranscriptomic mechanism with therapeutical potential for glioma. Cell Commun Signal. 2025;24(1):32. Published 2025 Dec 12. doi:10.1186/s12964-025-02583-4