超級增強子項目 | SE驅動的lncRNA UNC5B-AS1通過調控乳酸化抑製肺動脈平滑肌細胞炎症表型轉換
肺動脈高壓(Pulmonary hypertension,PH)的核心病理基礎之一是低氧誘導的肺動脈平滑肌細胞(PASMC)表型轉變,尤其是向炎症表型的轉化,但其上遊轉錄調控與代謝—biaoguanyichuanoulianjizhishangbuqingchu。jiwangyanjiuyizhitishichaojizengqiangzishiqudongxibaoshenfenguanjianjiyinbiaodadehexintiaojieyuanjian,erdiyangtiaojianxiachaojizengqiangziqudongdechanglianfeibianmaRNA是否參與PASMCs炎症性表型重塑仍缺乏係統研究;與(yu)此(ci)同(tong)時(shi),乳(ru)酸(suan)及(ji)其(qi)介(jie)導(dao)的(de)組(zu)蛋(dan)白(bai)乳(ru)酰(xian)化(hua)被(bei)認(ren)為(wei)是(shi)連(lian)接(jie)代(dai)謝(xie)重(zhong)編(bian)程(cheng)與(yu)炎(yan)症(zheng)基(ji)因(yin)轉(zhuan)錄(lu)的(de)重(zhong)要(yao)新(xin)型(xing)表(biao)觀(guan)遺(yi)傳(chuan)機(ji)製(zhi),但(dan)其(qi)在(zai)肺(fei)血(xue)管(guan)重(zhong)塑(su)中(zhong)的(de)功(gong)能(neng)尚(shang)未(wei)明(ming)確(que)。因(yin)此(ci),闡(chan)明(ming)低(di)氧(yang)環(huan)境(jing)下(xia)超(chao)級(ji)增(zeng)強(qiang)子(zi)(SE)—lncRNA軸如何通過代謝與乳酰化調控PASMCs炎症表型轉變,是理解肺動脈高壓發生機製並探索新型幹預靶點的關鍵科學問題。

研究亮點
- SE調控的lncRNA UNC5B-AS1,在缺氧的肺動脈平滑肌細胞中表達下調,並參與肺血管重構的調控。SE通過形成染色質loop,將轉錄因子FOXP3招募至UNC5B-AS1的啟動子區域,從而調控其表達。在線粒體中,由SE驅動表達的UNC5B-AS1可作為分子支架,LRPPRC(穩定富含亮氨酸的PPR基序蛋白)與線粒體複合物Ⅳ之間的相互作用,進而影響線粒體代謝。在細胞質中,缺氧狀態下UNC5B-AS1調控的乳酸生成與糖酵解激活,會誘導IL-1β、IL-6以及TNF-α啟動子區的H3K18la,最終促使肺動脈平滑肌細胞向炎症表型轉化。
- 體內實驗顯示,過表達UNC5B-AS1的保守片段可緩解肺動脈高壓。
技術路線/研究設計

研究結果
1. SE驅動的UNC5B-AS1在缺氧環境下顯著下調


RNA-seq分析結果顯示,在低氧處理的PASMC中,多條lncRNA出現顯著表達變化(A),其中UNC5B-AS1下調幅度最為明顯。結合H3K27ac ChIP-seq數據,研究進一步鑒定出低氧條件下活性發生改變的SE(B、C),UNC5B-AS1位點上遊的SE區域H3K27ac信號顯著減弱。
通過SE典型抑製實驗(BET抑製劑JQ1與CDK7抑製劑處理),UNC5B-AS1表達明顯下降,證實其轉錄依賴SE活性。RNA FISH結果顯示,UNC5B-AS1主要定位於細胞質,在低氧條件下信號顯著減弱,從空間定位和表達層麵共同確立其作為低氧響應SE驅動lncRNA的分子特征。
2. SE通過FOXP3介導染色質loop結構調控UNC5B-AS1轉錄

轉錄因子富集分析結果提示FOXP3是UNC5B-AS1上遊潛在關鍵調控因子。ChIP-qPCR結果證實,FOXP3顯著富集於UNC5B-AS1相關SE區域,並在低氧條件下結合能力下降。

進一步分析顯示,FOXP3與HIF-1α共同參與SE與UNC5B-AS1啟動子之間的染色質互作。敲低FOXP3或幹擾HIF-1α均可顯著抑製UNC5B-AS1的轉錄水平(F、G),提示SE–FOXP3–HIF-1α軸是維持UNC5B-AS1表達的關鍵轉錄調控機製。
3. UNC5B-AS1抑製PASMC向炎症性表型轉變

通過在PASMC中進行UNC5B-AS1過表達和敲低實驗,研究係統評估其對細胞表型的調控作用。UNC5B-AS1過表達顯著抑製低氧誘導的表型轉變,下調合成/炎症相關標誌物KLF4和OPN,並維持收縮型標誌物CNN1和SM22α的表達。
相反,敲低UNC5B-AS1即使在常氧條件下亦可誘導PASMC炎症性表型特征,並顯著上調IL-1β、IL-6和TNF-α的表達水平,提示UNC5B-AS1是抑製PASMC炎症性重編程的重要內源性因子。
4. UNC5B-AS1通過調控糖酵解與乳酸生成影響蛋白乳酸化

RNA pull-down聯合質譜分析鑒定出多種與UNC5B-AS1互作的代謝相關蛋白,其中包括關鍵糖酵解酶PKM2、GAPDH和LDHA。功能實驗顯示,UNC5B-AS1過表達顯著降低低氧PASMC的糖酵解水平和乳酸生成。
進一步檢測發現,UNC5B-AS1顯著抑製全蛋白乳酰化水平,並降低炎症相關基因啟動子區域的H3K18la富集。ChIP-qPCR結果表明,IL-1β、IL-6和TNF-α啟動子上的H3K18la信號顯著減少,從而限製其轉錄激活。
5. UNC5B-AS1在線粒體中作為分子支架維持呼吸鏈複合體IV功能

亞細胞分離與RNA定位實驗顯示,UNC5B-AS1部分定位於線粒體(A、B)。RNA IP和pull-down實驗證實,UNC5B-AS1可直接結合LRPPRC(C、D)。
功能上,UNC5B-AS1促進LRPPRC與線粒體呼吸鏈複合體IV的穩定互作。敲低 UNC5B-AS1顯著降低複合體IV活性和氧化磷酸化水平,並促使代謝偏向糖酵解,從線粒體功能層麵解釋其代謝調控作用。
6. UNC5B-AS1保守功能片段在體內緩解肺動脈高壓進展

在SuHx誘導的肺動脈高壓小鼠模型中,AAV介導的UNC5B-AS1保守功能片段UA1CF遞送顯著降低右心室收縮壓和右心室肥厚指數,並明顯改善肺血管壁增厚和血管重塑。

機製層麵,UA1CF恢複肺組織中線粒體複合體IV活性,降低乳酸積累和蛋白乳酸化水平(A–C),並顯著抑製炎症因子IL-1β、IL-6和TNF-α的表達。上述保護作用在雌雄小鼠中均得到一致驗證。
小 結
低氧相關血管重塑的研究不應局限於單一信號通路或轉錄因子,而需要從染色質調控結構(如超級增強子)—非編碼RNA—代謝狀態—表觀遺傳修飾的整體調控網絡出發進行係統解析。UNC5B-AS1的發現提示,具有細胞類型特異性的SE驅動lncRNA可(ke)能(neng)是(shi)連(lian)接(jie)代(dai)謝(xie)重(zhong)編(bian)程(cheng)與(yu)炎(yan)症(zheng)轉(zhuan)錄(lu)的(de)重(zhong)要(yao)調(tiao)控(kong)節(jie)點(dian),值(zhi)得(de)在(zai)其(qi)他(ta)低(di)氧(yang)相(xiang)關(guan)疾(ji)病(bing)模(mo)型(xing)中(zhong)進(jin)行(xing)係(xi)統(tong)篩(shai)選(xuan)與(yu)功(gong)能(neng)驗(yan)證(zheng)。此(ci)外(wai),該(gai)研(yan)究(jiu)將(jiang)組(zu)蛋(dan)白(bai)乳(ru)酰(xian)化(hua)引(yin)入(ru)肺(fei)血(xue)管(guan)重(zhong)塑(su)領(ling)域(yu),也(ye)為(wei)探(tan)索(suo)不(bu)同(tong)代(dai)謝(xie)產(chan)物(wu)介(jie)導(dao)的(de)表(biao)觀(guan)遺(yi)傳(chuan)修(xiu)飾(shi)及(ji)其(qi)疾(ji)病(bing)特(te)異(yi)性(xing)調(tiao)控(kong)機(ji)製(zhi)提(ti)供(gong)了(le)新(xin)的(de)研(yan)究(jiu)方(fang)向(xiang)。
- - - 推薦閱讀 - - -

客戶文章 | Cancer Res(IF 16.6):SETD8通過調控線粒體穩態維持t(8;21)急性髓係白血病幹細胞功能
表觀生物為此提供CUT&Tag和ATAC-seq服務。
2026-01-08

多組學項目文章 | Adv Sci:Ythdc1-p300-Klf5複合物介導的高爾基體功能障礙促進主動脈瘤進展
表觀生物為此提供ATAC-seq、 HiChiP、 GRO-seq
2025-12-26

m7G項目文章 | IF 20.6 中大附一團隊揭示METTL1介導m7G修飾通過CTSB促進類風濕關節炎滑膜侵襲的分子機製
該研究首次揭示類風濕關節炎患者滑膜中METTL1表達升高,通過介導CTSB(組織蛋白酶B)mRNA內部m7G甲基化修飾增強其翻譯效率,進而促進滑膜成纖維樣細胞遷移和侵襲能力,驅動關節破壞
2025-12-11